Creando etiquetas dentro de un string

[pateketrueke]

Me parece que estás haciendo mucho para algo más simple, con una expresión regular y preg_replace_callback() debería ser suficiente:

Código PHP:

function procesar_tags($matches) {
  list(, $tagName, $tagValue) = $matches;
  
  return "<!-- aquí podría procesar: $tagName($tagValue) -->";
}
 
$regex = '/\[(\w+)\]([^[\]]+?)\[\/\\1\]/s';
 
$entrada = '[foo]a,b,c[/foo] y [x]yz[/x]';
$salida = preg_replace_callback($regex, 'procesar_tags', $entrada);
 
echo $salida;
 

¿Se entiende la idea?