Buenas compañero,
 
Si quieres utilizar el ID de un objeto ASP desde JavaScript, como es el caso, ese objeto deberá tener la siguiente propiedad de esta forma:
<asp:Button ID="ButtonMatDes" runat="server" Text="Deshabilitar" onclick="ButtonMatDes_Click" ClientIDMode="Static" /> 
Si no le indicas eso, el IdClient del objeto será del tipo... crt$ContenidoPanelMateria_ButtonMatDes. 
Por cierto, si quieres asegurarte, puedes poner en el código JS lo siguiente (depurar código JS): 
Código:
 function confirmarEliMate() {
            var seleccion = confirm("No se pudo eliminar la materia, esto se debe a que la materia se está dictando actualmente o ya se dictó. De todas formas, ¿Desea deshabilitar esta materia?");
            if (seleccion) {
                var objBoton = document.getElementById("ButtonMatDes");
                debugger;
                if (objBoton) {
                    objBoton.click();
                }
            }
        }
  
Un saludo!