llenar select con respuesta de json

[rjulio21]

Ese query que realizas está bien? Tienes toda esa data en la misma tabla?
Creo que deberias tener las colonias en una y municipios y estados en otras dos no?
Bueno, suponiendo que tienes todo eso bien...

Creo que puedes hacer dos cosas.
1. En vez de enviar un json Crear los options desde el código en PHP y devolver HTML
Seria algo así : (Teniendo en cuenta q la parte de la consulta y eso resulte, que no estoy seguro de q estes guardando todos los registros que te traiga la bd.

Código PHP:

$options = "";
while($data = mysqli_fetch_assoc($result)){
        $options.="<option value=\"$result[id_colonia]\">$result[colonia]</option>";
}
// Luego retornas el option
 
print($options)
 

Con js en la parte que capturas la respueta: (obviando lo que ya tienes hecho)

Código Javascript:

....
.done(function(respuesta){
                        $("#colonia").html(respuesta);
                    });
 

2. Devuelves el query completo de las colonias en un json (para cual debes recorrer el result de la bd con un while y guardarlo en un array, luego devolverlo como ya haces por json_encode). Lo capturas con jQuery y lo recorres con la funcion each, armando las options en js

Código Javascript:

.done(function(respuesta){
                        var options = "";
                        $.each(respuesta.colonias,function(key,value){
                                  options+='<option value="key">value</option>';
                         })
 
                         $("#colonias").html(options)
                    });
 

NOTA: uso la función .html de jquery y no "val" pues si es un selector "<select>" el contiene html "<option>" y la función .val() no le aplica.

Espero te sirva. saludos