aca pueden ver una imagen para evitar confusion a lo que me refiero.
Ver Imagen
El JOptionPane.showInputDialog esta llenando un arreglo a traves de un ciclo for.
Se podra validar el ingreso que no avance de posicion a menos que se ingrese el valor deseado.
Por ejemplo: si el numero es inferior a 4, el array no cambie de posicion y se mantenga en el mismo, si valor es igual a 4, la posicion del array continua normalmente.
Código Java:
Ver originalfor(int x=0;x<4;x++) {
for(int y=0;y<3;y++) {
calificaciones[x][y]= stNota1;
}