El problema es que los valores de id deben ser únicos, pero obviamente estas repitiendo todo y por ende salen muchos divs con el mismo id.
Lo mejor sería colocarle una clase de css, y probablemente tu plugin de jQuery acepte dicho selector de mejor forma que un id.
Es decir, los id son para elementos únicos, las clases de css son para más elementos.
Además creo que deberías repetir el <li> con clase animate-in, ¿acaso la documentación del plugin que utilizas no te explica cómo utilizarlo?
Al final sólo deberías tener un sólo div con id "sequence", y dentro del <ul> "sequence-canvas" deberías repetir tantos <li> como imágenes tengas en la BD, pon atención en ello.