buenas...
limitandome a responder la pregunta original. lo que sucede es que la ilustración original es un vector y cuando se rasteriza, los contornos se vuelven "fuerte". comunmente es un efecto indeseable o anti-estético. en este caso, illustrator suavisa (anti-alias) las orillas de modo que tenga una transición atractiva.
entonces, cuando usas el bote en photoshop, este no aplica el color tomando en cuenta la transición de las orillas. no confundir con la Tolerancia porque no es exactamente lo mismo que anti-alias. el resultado final es el que te produce, pixeles blancos. o correctamente dicho, pixeles sin transición.
en fin, por eso la recomendación de colorear desde illustrator. más que nada porque el original parte desde dicha aplicación. no es que NO se pueda hacer desde photoshop, sino que es más complicado colorearlo cuando las partes de la ilustración no estan separadas en capas.