Tengo problemas convirtiendo videos

[uzziber]

El sueño de muchos, ojalá la edición de video fuera así de simple; pero no es así, debido a:
a) La diversidad de medios en los que se publican los videos...
b) La diversidad de formatos en los que se graban los videos...
c) La diversidad de "empaques" de los videos...
Cuándo los videos originales son tuyos (grabados con tu videocámara) puedes hacer una plantilla en tu editor/conversor de video y convertirlos, porque conoces el origen y conoces los parámetros del video.
Cuándo desconoces el origen del video y sus parámetros, tienes que hacer muchas pruebas hasta encontrar los parámetros de la conversión que te satisfagan; como ya lo has expresado.
Aunque muchos conversores que hay en el mercado dicen ser la solución "todo en uno", no lo son; tendrás que experimentar y probar con cada video, sobre todo cuándo el origen del video original es desconocido.