Exacto como dice zanguaga, no se pueden instalar automáticamente como plugins independientes.
Lo mejor es integrar el plugin en el functions.php o "sugerir" el plugin usando la clase
TGM Plugin Activation, esta clase muestra un mensaje indicando que el theme necesita X plugins para funcionar, incluso tiene la opcion de indicar que x plugin es necesario para que el theme funcione correctamnte, la instalación es mediante un simple click.
Saludos!