"Mejor" y "peor" nos conceptos relativos, y en el ambiente de informática son ficciones. Lo que existe es lo adecuado, lo conveniente, lo eficiente. Pero no hay mejores o peores.
En cuanto a recuperar las bases, como te dije, depende de los tipos de tablas ¿MyISAM? ¿InnoDB?.
En el primero, los datos pueden estar en la carpeta en cuestión, dentro de cada una de las bases. Pero en el segundo, dependerá de si has conservado los archivos de binarios ibdata, que es donde se almacenan los datos.
Normalmente el ciclo de recuperación sería:
Cita: 1) Detener el servicio MySQL.
2) Hacer una copia de la carpeta data actual, con absolutamente todo.
3) Ahora para recuperar la base anterior, en la carpeta /data actual borrar todo excepto la carpeta MySQL.
4) Tomar de la carpeta anterior todas las carpetas excepto MySQL, y copiarlas en el nuevo /data.
5) Tomar el antiguo archivo ibdata1 y copiarlo en en el directorio /data.
6) Si todo a ido bien iniciamos el servicio MySQL nuevamente y ya debería haber cargado la antigua base de datos sin problemas.
Atención: Si falla o no funciona, el backup realizado debe ser restaurado de la misma forma.
Nota: Nunca hagas todo eso si previamente hacer backups, y es conveniente hacerlo primero en una PC de pruebas, y no en la productiva.