¿Tienes instalandos los controladores de tu CD-ROM para trabajar bajo MS-DOS ? ¿así como el archivo MSCDEX de MS-DOS?
En ocasiones me ha pasado algo semejante, así que al formatear agrego al comando format /s para hacer bootable el disco duro, luego instalo el disco del fabricante del CD-ROM (asegurandome de copiar en disco duro el MSCDEX), automáticamente se modifican los archivos autoexec.bat y/o config.sys, reinicio la PC, pongo el CD e instalo el windows.
Suerte
