Cita: Pero cuando hice una prueba me salió error y se borraron mis campos de una tabla principal.
Ok. Pero ¿qué error salió?
En principio, si falla la creación de una FK eso no puede afectar de ninguna forma los datos existentes en la tabla. La generación de una FK o se ejecuta correctamente, o da un error y no se crea, pero
jamás afecta los datos que ya existan.
Si tu tbla se borró, no puede haber sido por esa creación...
¿Cómo fue exactamente la query o queries que usaste en esa ocasión?
Por otro lado MySQL Workbench solament crea la sentencia necesaria, y se peude utilizar para ejecutarla, pero el resultado es el mismo que hacerlo a mano.
En ese sentido no habr´ña diferencia.