Java se comunica con las bases de datos a través de una capa intermedia llamada JDBC. Esta capa impone una serie de requerimientos que las distintas bases de datos tienen que cumplir si quieren ser accedidas desde java. Para ello, crean una librería de conexión llamada driver que cumple con los estándares de Java.
En el caso de SQL Server 2012
http://technet.microsoft.com/en-us/l...=sql.110).aspx
Descarga
http://www.microsoft.com/en-us/downl...ng=en&id=11774
Aquí tienes la información sobre JDBC, aunque hay muchísimos tutoriales.
http://docs.oracle.com/javase/7/docs...s/guides/jdbc/
El hecho de que te conectes desde Nebeans o JDeveloper es indiferente, piensa que cuando tengas tu programa finalizado se ejecutará directamente en la JVM, no habrá ningún programa de desarrollo (IDE).
Importante la forma de decirle al driver dónde está la base de datos, ya que varía en función de la porpia base de datos.
http://technet.microsoft.com/es-es/l...=sql.110).aspx http://technet.microsoft.com/en-us/l...=sql.110).aspx