El tema es que el carácter % es especial y significa una secuencia escapada en la URL, así que no puedes usarlo cómo separador sólo porque se te ocurrió.
Para construir los parámetros de una URL (incluyendo arrays) existe la función http_build_query(), por favor consulta el manual:
http://php.net/manual/es/function.http-build-query.php