Ya pues como te dice el error: "The requested URL /chamilo/agregar.php was not found on this server".
La ruta de tu archivo en realidad es: "/chamilo/plugin/Plugin_CandS/agregar.php" así que si no hice mal los cálculos, deberías llamarlo así:
Código HTML:
<a href="plugin/Plugin_CandS/agregar.php">+ Agregar nueva encuesta</a>
Probalo y me contas! Saludos :)