Pude arreglarlo de la siguiente manera
Código:
$consulta2 = "SELECT idChico From tutor_chico WHERE Dni = '". $_POST['Dni'] ."'" ;
$Resultado2 = $conexion->query($consulta2);
$Datos2 = array();
$i=0;
while($Datos2[$i] = $Resultado2->fetch_array(MYSQLI_NUM))
{
$rows[] = $Datos2;
$i++;
}
En un arreglo $rows agregue cada fila devuelta por la consulta. Es un desperdicio usar un arreglo de arreglos siendo que cada arreglo solo contiene un numero, pero quedo funcional.