Las tablas estarán relacionadas, pero tienes un error de datos. tan simple como eso.
Según tu esquema, Tienes Alumnos, Materias, y una tercera tabla que relaciona Alumnos con Materias. Bueno, al menos una de las tablas no contiene los datos que supones debes tener.
Vale decir, supongamos:
Cita: Alumno
1 Juan
2 Adriana
3 Javier
con estas materias:
Cita: Materia
1 Geografia
2 Informatica
3 Algebra
y sobre la base de eso supongamos que Adriana esta inscipta en Algebra e Informática, y Javier en Geografía y Álgebra. En ese contexto la tercera trabla contendría esto:
Cita: Alumno_Materia
idAlumno IdMateria
2 2
2 3
3 1
3 3
Bueno, eso es lo que no se cumple en tu caso...
¿Se entiende?