Tres Arrays juntos

[NSD]

Código PHP:

$arr = [
            0 => [
                0 => [
                    0 => 54,
                    'id' => 54,
                    1 => 'A',
                    'letra' => 'A'
                ]
            ]
        ];
 
$letra = $arr[0][0]['letra'];
 

Supongo que esos datos vuelven de una base de datos, podrias usar FETCH_ASSOC en vez de FETCH_BOTH (la opcion por defecto) para reducir la complejidad de ese array.