En el código te sobra la parte que indica que se descargue. Quita esto:
Código PHP:
Ver originalheader("Cache-Control: must-revalidate, post-check=0, pre-check=0"); // Output to browser with appropriate mime type, you choose
header("Content-type: text/x-csv"); //header("Content-type: text/csv");
//header("Content-type: application/csv");
header("Content-Disposition: attachment; filename=$filename");
Y para guardar el resultado en un fichero, puedes consultar cualquier tutorial de los muchos que hay por internet. Por ejemplo:
http://www.aprenderaprogramar.com/in...ero&Itemid=193
En resumen, de tu código quita todas las partes que fuerzan la descarga del archivo creado y, al final, usa las funciones de gestión de ficheros de PHP para guardarlo en un directorio.
Un saludo!