Para Linux existe una utilidad llamada
mytop que es muy buena y te permite ver consultas lentas, creo que corre también en Windows.
Sino lo otro que puedes hacer es buscar las consultas más lentas con log_slow_queries, que veo que ya tienes activado. Lo que yo haría sería reducir el tiempo de long_query_time = 1, pues una consulta bien hecha no debería demorar más de 1 segundo, 4 es una exageración.
Un saludo,