Uso de CPU de MySQL disparado

[Salota]

Hola, buenas tardes.

Soy nuevo en el foro y agradecería si alguién me pudiera ayudar acerca de un servidor dedicado que tenemos contratado.
Es un servidor Windows de Nivel 5, con 32 GB de RAM, y sobre el cuál corremos una aplicación de gestión de transporte.

En estos momentos tenemos un volúmen de unas 150 conexiones concurrentes que atacan contra el sistema, a nivel de usuarios conectados y tablets que comunican con el sistema.

Hace una semana, el nivel de CPU de MySQL se nos dispara al 50% y de de CPU de IIS al 30%.

Alguién nos podría confirmar acerca de si esto sería por culpa de algún script, o porqué no cerramos alguna conexión después de una consulta, o si lo suyo sería cambiar la estructuar del my.ini.

Adjunto estructura del my.ini actual:

[MySQLD]
port=3306
basedir=C:\Program Files (x86)\Parallels\Plesk\Databases\MySQL51\
datadir=C:\Program Files (x86)\Parallels\Plesk\Databases\MySQL\Data
character-set-server=latin1
default-storage-engine=INNODB
read_buffer_size=1M
read_rnd_buffer_size=256K
sort_buffer_size=256K
max_connections=400
old_passwords=0
max_user_connections=200
thread_cache_size=4
thread_stack=196608
binlog_cache_size=32768
net_read_timeout=30
net_retry_count=10
net_write_timeout=30
thread_concurrency=10
open_files_limit=0


innodb_additional_mem_pool_size=2M
innodb_flush_log_at_trx_commit=1
innodb_log_buffer_size=1M
innodb_buffer_pool_size=16M
innodb_log_file_size =10M
innodb_thread_concurrency=8
innodb_lock_wait_timeout = 120


# nueva configuracion
# este parámetro es fundamental, hay que registrar las consultas lentas, todas las que duren mas de 2 segundos.
# asi se puede ver las consultas que se hacen y que tienen que ser optimizadas

log-slow-queries=C:\Program Files (x86)\Parallels\Plesk\log\varmysql-slow-queries.log
long_query_time = 5
log-queries-not-using-indexes
query_cache_limit=2M
query_cache_size=256M
query_cache_type=1
interactive_timeout=100

wait_timeout=30
connect_timeout=15

# establecido a 128 para que no use mas memoria
thread_cache_size=128
key_buffer_size=1G
key_buffer=32M
join_buffer=1M
max_allowed_packet=16M
table_cache=1024
record_buffer=1M
sort_buffer_size=2M
read_buffer_size=2M
max_connect_errors=10

[mysqld_safe]
log-error=C:\Program Files (x86)\Parallels\Plesk\log\mysqld.log
pid-file=C:\Program Files (x86)\Parallels\Plesk\run\mysqld\mysqld.pid

open_files_limit=8192


[mysql]
no-auto-rehash
# safe-updates


[isamchk]
key_buffer=64M
sort_buffer=64M
read_buffer=16M
write_buffer=16M

[myisamchk]
key_buffer=64M
sort_buffer=64M
read_buffer=16M
write_buffer=16M

[mysqlhotcopy]
interactive-timeout

[client]
port=3306

Grácias por adelantado y un saludo a todos.