Gracias por el consejo Alexis88 encontre una manera de hacer funcionar mi idea inicial sin problemas luego de quemarme las neuronas por mi cuenta para encontrar la respuesta, igual gracias por tu aporte, me ayudó a encontrar la respuesta más rápido.
Código PHP:
Ver originalrequire_once('libs/conexion.php');
$cn= Conectarse();
$codigos= $_POST['array'];
$total = count($codigos);
for ($i = 0; $i < $total; $i++){
$cod= $codigos[$i];
$query="INSERT INTO cotizacion (codigo, nombre, modelo) SELECT articulos.codigobarra, articulos.nombreproducto, articulos.modelo FROM articulos WHERE articulos.codigobarra = $cod";
}