Pues si formateas, en un principio no hay ningún problema. Lo que si que deberías hacer es comprarte un buen antivirus, y sobre todo actualizar tu windows. Me imagino que los problemas que debes haber tenido con los virus serán debidos a un problema de seguridad de windows (Desbordamiento de búffer en interfaz RPC). Así que una vez instalado el 2000 instalate el parche.
Si quieres aquí hay más información:
http://www.microsoft.com/spain/techn...S03-026-IT.asp
Un saludo.