A reserva de que te recomienden algo mejor, puedes usar este programa:
http://www.partitionwizard.com/free-...n-manager.html
La versión gratis puede cambiar tamaños o hacer nuevas particiones, pero no pegar 2 en una, para eso está la de paga.
Yo de plano desconectaba el disco duro adicional antes de hacer nada, y respaldaba por supuesto. De hecho desconectar el disco duro es una manera rápida de ver las particiones del master.