El charset es la forma de codificar los caracteres, que tiene impacto en todo modo de transmitir y almacenar datos, sean estos conexiones, scripts, archivos, bases de datos, y todo sistema de transferencia.
En el caso de MySQL, la codificación de datos entrantes y salientes del servidor son por default
UTF8 (ver link), mientras que el Notepad, como ya te dije, los codifica en ANSI o UNICODE, de alli que abrir un backup de MySQL, que se genera en UTF8, y guardarlo luego manualmente sin precauciones genere errores.
Para evitar errores hay que tener cuidado que al seleccionar "Guardar como...", el combo del charset de codificación diga "UTF8"
Verifica el charset del script que estás cargando, y el de la conexión que usas desde .Net.