Si pero una URL canónica creo que no es la mejor opción porque realmente son etiquetas creadas con la única intención de meter keywords sin sentido. Ejemplo de etiquetas: keyword, keyword-2, keyword-3...
Creo que lo mejor es redireccionar todas a una misma etiqueta que será la que quede en el blog y la que aporte algo al visitante.
Respecto a lo de no indexar las taxonomías, yo también pienso lo mismo. Pero he visto un post de Javier Gosende que me hizo pensar si se puede sacar alguna ventaja a la hora de indexarlas.
http://www.javiergosende.com/seo-cat...4/11/2013/3460
Que opinas?