Si no he entendido mal lo que solicitas, y viendo el código, el idVacaciones viene en la tabla que generas después de seleccionar el segundo combo. Ese valor lo tienes en el input tipo radio.
Como consejo no es bueno que dos elementos compartan ID, lo cual ocurre ahora mismo en tu código, yo adjuntaría el idVacaciones al generar la tabla, quedando el último campo así:
Código:
<td><input type="radio" id="key_"'.$row['idVacaciones']'" name="key" value="'.$row['idVacaciones'].'"></td></tr>';
Aparte de ese detallito creo no haber entendido bien tu duda puesto que el valor de idVacaciones lo tienes precisamente en ese campo ¿Tu duda es cómo recuperar ese valor?