Solucionado. Una tontería muy gorda.
Webmin->Servidores->Configuracion de Postfix->Opciones generales
Ahí la primera opción donde dice: "Que dominio usar en correo saliente" da tres opciones:
1 Usar nombre de máquina
2 Usar nombre de dominio
3 Para rellenar con lo que quieras
La primera vez lo puse en la ultima opcion con el nombre del dominio principal del sevidor y eso es lo que tenia mal. Ahora lo puse en la segunda opción y todo va como la seda. Cada domino usa su propio nombre de dominio con su configuración y todo funciona como debe ser.
