con ini_set() puedes cambiar cualquier variable de tu php.ini
string ini_set ( string varname, string newvalue)
seria algo asi ini_set('max_execution_time','40');
este debes ponerlo al inicio del script, algo asi como los session_start() y cosas asi, es decir, antes de cualquier salida al navegador.
Saludos
http://www.php.net/manual/es/function.ini-set.php