No hace falta que hagas el while, justamente mysql hace eso por ti:
Código PHP:
Ver original<?php
$res = mysql_query("SELECT SUM(almuerzo) as resultado FROM entrada WHERE empleado = '".$cedula."' AND fecha BETWEEN '2014-09-29' AND '2014-10-014'"); echo"<strong><font color='navy'>Total almuerzos: </font>".$row['resultado']."</strong>";
?>