Usar un trigger para cambiar el formato fecha

[quimfv]

Otra solución posible, si Attendance Manager no es configurable, es explorar la salida en formato excel que dices que puede generar, si es una salida csv es importable directamente con LOAD DATA...

En cuanto a automatizar la segunda opción que te propone @gnzsoloyo cualquier script sea interno o externo capaz de ejecutar consultas te lo va a solucionar

Código MySQL:

INSERT INTO tablaDefinitiva 
   SELECT Name, 
                STR_TO_DATE(sTime, '%d/%m/%Y %h:%i:%s') ssTime,
                VerifyFlag,
                MachineName,
                checktype,
                senso id, 
                workcode,
                STR_TO_DATE(sDate, '%d/%m/%Y') ssDate, 
                Pin
   FROM tablaTransaccional;