El problema es que he cogido el código de codepen, lo he pegado en un nuevo documento para evitar que me herede propiedades de css y descartar todo eso, pero aun así, con el código puro y tal cual esta en codepen, se ve mal. Lo he probado tambien con distintos navegadores para descartar que sea el navegador pero nop.
EDIT: Solucionado, era el padding que le estaba dando a el ancla <a> que me ocasionaba conflicto.