Solamente cambia la condición. Inspeccionando a los elementos en vivo, he visto que el tooltip es un 
<div> con las clases "popover fade bottom in", entonces, en la condición el elemento al que se le haya dado clic debe de ser diferente a este 
<div> para poder ocultarlo. Eso es todo.    
Código Javascript
:
Ver original- $(window).on("click", function(event){ 
-     if (event.target != $('.popover .fade .bottom .in')) 
-         $('.popover .fade .bottom .in').hide(); 
- }); 
También revisa en la documentación del plugin que usas si hay algún método que produce que se oculte al darle clic. 
Saludos