El problema es por que estas queriendo pasar el id de actividad y facturas espera recibir un objeto del tipo actividad. Para que funcione tu ejemplo tienes que encontrar primero la actividad de id 2 y pasarlo a método de facturas.
Código PHP:
Ver original$em = $this->getDoctrine()->getManager();
$actividad = $em->getRepository('TuBundle:Actividad')->find(2);
$activ = new facturas();
$activ->setNumerofactura("AAA-zz-2015");
$activ->setDescripcion("Descripción para la factura de prueba");
$activ->setActividad($actividad);
//$em->persist($pru);
$em->persist($activ);