Bueno en realidad, la forma correcta de mapear una relación many to many es como decís sin crear una entidad para la tabla intermedia. De todas maneras, si se te complica mucho mapearlo, podrías crearla.
Igualmente te recomiendo que revises la documentación oficial y la mapees como corresponde. Simplemente tenés que indicar en los campos que componen la relación, que son many to many, y en los mismos pasar como parámetro el nombre de la tabla que es parte de esa relación.
Ejemplo:
Código PHP:
/**
* @ManyToMany(targetEntity="Phonenumber")
* @JoinTable(name="users_phonenumbers",
* joinColumns={@ORM\JoinColumn(name="user_id", referencedColumnName="id", unique=true)},
* inverseJoinColumns={@ORM\JoinColumn(name="phonenum_id", referencedColumnName="id")}
* )
**/
private $phonenumbers;
En este mapeo le pasás dentro de joinTable el nombre de la tabla producto de la relación N-N y luego los nombres de los campos que componen la relación. Y del otro lado de la relación (en la otra entidad) debés indicar también el campo que es parte de esa relación.
Hay más opciones para agregar, todo depende de lo que quieras hacer.
Acá podés encontrar más info: [url]http://doctrine-orm.readthedocs.org/en/latest/reference/association-mapping.html[/url]