Me suena a una mala configuración de Apache, que no está parseando los archivos, me suena a que algunos AddType están perdidos en la config y por eso no puede despacharlos via web, sino que los baja. Intenta agregar esto en un archivo .htaccess en la raíz de tu sitio:
Código:
<IfModule mod_mime.c>
# Plain text files
AddType text/plain .txt .text .def .list .log .in
# eXtensible HyperText Markup Language (XHTML) markup
AddType application/xhtml+xml .xhtml .xht
</IfModule>
Un saludo,