Tuve el mismo problema con el Colorbox, lo solucioné haciendo un timout de unos 500ms antes de lanzar la siguiente instrucción.
Sería algo tal que así:
Código Javascript
:
Ver original$("#myDiv").fancybox({
setTimeout(function(){alert('Hello')},500);
});
Ve jugando con el tiempo hasta que le atines a la pausa correcta.