Cita:
Iniciado por davidj 
es decir, igualmente tendría el dilema si modificar los archivos de GIT y los del servidor del cliente o solo los del servidor del cliente... verdad?
Pues realmente no, porque puedes tener una rama para producción o otra para desarrollo, que es lo que se suele hacer como mínimo.
De todas formas, si no usaras Git (u otro) ¿qué sentido tiene tener una copia sin las modificaciones? Igualmente tendrías una copia localmente de los cambios hechos ¿o no?