los .htaccess son heredables y vas desde el directorio raiz como primer archivo.
Las opciones se van sobrescribiendo, pero los grandes problemas son con el mod-rewrite.
puedes usar el htaccess para no dejar obtener ningun archivo que sea distinto a las extensiones que quieres y luego crear un cron o algo parecido que borre todos los archivos no deseados cada cierto tiempo.
Cita: <Directory /directorio/carpeta/upload>
deny from all
<Files ~ "^\w+\.(gif|jpe?g|png)$">
order deny,allow
allow from all
</Files>
<IfModule mod_php5.c>
php_flag engine off
</IfModule>
</Directory>
Cambia el directorio al que sera aplicado y listo.
Solo te queda borrar los archivos que no te interesan cada x tiempo.