Por regla general, es conveniente que el nombre todo objeto de tipo tabla, columna y base sea estandarizado en minúsculas. Por esa razon algunas interfases lo hacen en modo automático.
Esto se hace a los fines de mantener compatibilidad con sistemas basados en Unix, donde el propio sistema diferencia mayusculas de las minusculas.
Sobre esto hay un articulo específico en el manual de referencia oficial:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...nsitivity.html