#1062 - Duplicate entry '' for''

[gnzsoloyo]

Mencionas "eliminar la base vieja", pero eso se podría hacer usando DELETEs, por ejemplo, ,que no impactarían en la creacion de las tablas por ejecución del script. Pero no se habrían borrado completamente si la secuencia de DELETEs no repeta la dependencia de FK.

Si estuviese dropeando la base, y el backup sólo aplica aesa base, ese error de clave duplicada no debería existir. Es un comportamiento anormal.
Ese tipo de error sólo puede ocurrir cuando la tabla donde se dispara el error contiene datos.

Entonces, segunda pregunta: ¿Estás realizando un backup exclusivamente de la base de datos que necesitas, o de todas las bases de datos?

Finalmente, un backup de sólo datos podría no ser buena idea, si no es un backup incremental. Si tomas los datos solamente sin ese cuidado, se intentará insertar datos ya existentes, y volveria a aparecer el problema.

Uno de los temas es que p`hpMyadmin no es MySQL, sino una interfaz programada en PHP. Pero es tan fiable como los programadores que la hicieron... que esté bien hecha no implica que haga exactamente lo que se supone que hace.
Yo prefiero trabajar con el MySQL Workbench, que es nativo y más potente. Con ese es más seguro realizar no solo backups y restauraciones, sino que peudes sincronizar una base local con otra remota (en tanto en el host remoto admitan conexiones externas).