incrementar valor de php cada cierto tiempo

[rodrigo_temuco]

Estás buscando por el lado equivocado. PHP no hace nada simultáneo que recargue el sistema, simplemente el bucle es demasiado largo e incluye una función medio lenta file_get_html. Probablemente el script supere el tiempo máximo de respuesta.
Si haces una pausa se va a demorar todavía más, para eso existe la función sleep($segundos), pero no la uses, no te va a servir.

Lo que veo es que la única solución posible es la que plantea gnzsoloyo más arriba, e implica que tienes que armarte de paciencia, unos cafecitos y aprender a hacer llamadas Ajax. Esto significa que tienes que crear una página simple con código javascript que:
-llama por ajax a una página de php, por ejemplo 'parsea_el_1.php'
-recibe la respuesta de 'parsea_el_1.php'
-si la respuesta es 'continuemos' o algo así, llama a 'parsea_el_2.php', etc. ,etc...
-si la respuesta es 'terminamos' avisa en pantalla que todo está ok.
O sea, le vas pidiendo a php que trabaje de a trocitos, y la página inicial puede estar horas si quieres, funcionando y avisando "vamos en el archivo 15.400..."
Los detalles son muchos para detallarlos en el foro, busca documentación googleando "PHP Ajax".