Si pones el codigo de tu html te podria ayudar mas por que hay que tener encuenta varias cosas.
Cita: Comprobar el formato numerico, para que si por ejemplo tienes el numero 1000 no te lance errores por que php reconocera como 0,1,10,100,1000. Mirando la estructura de tu html se podria hacer con regex facilmente.
Cita: Para obtener el array de tu archivo de referencias no tendras mas que usar un file y te crea el array. Asegurate de filtrar los saltos de linea, tabulaciones, espacios en blanco, etc.