Buscar coincidencias

[jucuegas]

Hola,
tengo un problema de rendimiento al buscar coincidencias.
Me explico.
Tengo unos proyectos y unos usuarios que pertenecen a los diferentes proyectos.
Los proyectos y usuarios comparten unas 30 categorías.

Entonces cuando creo un nuevo proyecto quiero buscar gente compatible con ese proyecto y busco de entre todos los usuarios las categorías compatibles y lo ordeno de mayor a menor número de categorías compatibles.

El problema viene que si ya tengo cerca de 2500 usuarios y buscar esas 30 categorías una a una a cada usuario pues son muuuchas consultas, cuando no había tantos usuarios no era un problema de tiempo de ejecución.

De momento lo he hago de la siguiente forma
Listo las categorías del proyecto y voy buscando coincidencias en cada uno de los usuarios y lo guardo en otra tabla.
Claro si tengo 20 categorías para buscar en 2500 usuarios son 50000 búsquedas, y si lo acaba haciendo puede tardar 15 o 30 minutos, cuando directamente no se queda colgado.

¿Habría una forma mas eficiente de hacerlo, sin usar tanto procesador?

Muchas gracias