El archivo web.xml podes crearlo con un Notepad o cualquier editor, y para que esta tenga efecto, tenes que ubicar dentro de la carpeta WEB-INF de tu aplicación.
Con respecto a los archivos war, hay un articulo en javahispano.org que explica sobre eso, fijate en:
http://www.javahispano.org/articles....ion?section=2, en el articulo: "Instalación de aplicaciones en Tomcat"