Gracias por responder pateketrueke, la strip_tags no la encontraba, como eliminar los html tags.
La html_entity_decode ya lo habia intentado, pero sin tener buenos resultados, no se si tengo que especificar algun header para el charset, aunque este archivo lo unico que hace es el query, crear el archivo .docx, y descargarlo.
Código PHP:
<?php
include 'db.php';
$query = $mysqli->query("SELECT * FROM notas WHERE id = '".$_GET['id']."'");
$res = $query->fetch_array(MYSQLI_ASSOC);
require_once '../PHPWord.php';
// New Word Document
$PHPWord = new PHPWord();
// New portrait section
$section = $PHPWord->createSection();
// Add text elements
$section->addText($res['cabeza'], array('name'=>'Verdana'));
$section->addTextBreak(1);
$section->addText(strip_tags(html_entity_decode($res['nota'])), null, 'pStyle');
// Save File
$objWriter = PHPWord_IOFactory::createWriter($PHPWord, 'Word2007');
$objWriter->save('Text.docx');
header('Content-Description: File Transfer');
header('Content-type: application/force-download');
header('Content-Disposition: attachment; filename='.basename('Text.docx'));
header('Content-Transfer-Encoding: binary');
header('Content-Length: '.filesize('Text.docx'));
readfile('Text.docx');
unlink('Text.docx');
?>