Nop..ya lo probé. Creo que es una tontería pero no lo veo, voy a volverme loco...he pasado los dos campos a variable y sigue entrando. Luego cuando imprime la tabla veo que $importe=$suma. Son campos numericos, con dos decimales. No sé si puede venir por aquí el problema...
Código PHP:
$importe=$dato['ImporteTotal'];
$suma=$dato['Base']+$dato['Impuesto'];
if($importe != $suma){
echo "<td>".$dato['Factura']."</td>";
echo "<td>".$importe."</td>";
echo "<td>".$suma".</td>";
}