Me autorespondo, después de mucho dejarme la vista y revisar el código a fondo, he visto que una parte de este estaba mal, en concreto la parte php, este era el error.
Código:
$json_request = json_encode($domains);
echo json_encode($json_request);
Es decir, que codificaba a json dos veces lo que la bd me devolvía.
Lo correcto sería así:
Código:
$json_request = json_encode($domains);
echo $json_request;
Un saludo