Como dice
Alexis88, debes utilizar cada tecnología para el fin con que se creó. JavaScript fue creado para aportar dinamismo y mejorar la interfaz de usuario, no para maquetar sitios web. Por lo tanto, cuando decimos que el usuario puede tener JavaScript desactivado, no es porque sea algo muy frecuente (que hay casos
![sonrisota](http://static.forosdelweb.com/fdwtheme/images/smilies/xD.png)
), es solo para hacer ver que son dos cosas totalmente diferentes, y deberían usarse de forma independiente
La mayoría de navegadores actuales soportan efectos CSS3, no obstante existen librerías como
Modernizr para detectar la compatibilidad en el navegador del usuario. Dependiendo de eso podías hacerlo de una forma u otra, aunque con JavaScript no se consiguen los mismos resultados que con algo nativo que se ejecuta casi directamente en el PC del usuario.