Creo que he ido viendo cual es el problema. En el directorio raiz, donde está uno de los wordpress instalados, hay un archivo web.config con el siguiente codigo xml
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<configuration>
<system.webServer>
<defaultDocument>
<files>
<clear />
<add value="Index.html" />
<add value="Index.htm" />
<add value="Index.cfm" />
<add value="Index.shtml" />
<add value="Index.shtm" />
<add value="Index.php" />
<add value="Index.stm" />
<add value="Index.php3" />
<add value="Index.asp" />
<add value="Index.aspx" />
<add value="Default.htm" />
<add value="Default.asp" />
<add value="Default.aspx" />
</files>
</defaultDocument>
<rewrite>
<rules>
<rule name="wordpress" patternSyntax="Wildcard">
<match url="*" />
<conditions>
<add input="{REQUEST_FILENAME}" matchType="IsFile" negate="true" />
<add input="{REQUEST_FILENAME}" matchType="IsDirectory" negate="true" />
</conditions>
<action type="Rewrite" url="index.php" />
</rule></rules>
</rewrite>
<caching>
<profiles>
<add extension=".php" policy="DontCache" kernelCachePolicy="CacheUntilChange" />
</profiles>
</caching>
<handlers>
<remove name="PHP5-FastCGI-php" />
<add name="PHP5-FastCGI-php" path="*.php" verb="GET,HEAD,POST" modules="FastCgiModule" scriptProcessor="C:\Program Files (x86)\PHP\v5.5\php-cgi.exe" resourceType="Either" requireAccess="Script" />
</handlers>
</system.webServer>
</configuration>
He probado a cambiar algo de ese codigo, en la parte de <rewrite> y todo se ha ido a la porra, por lo que he supuesto que ahi está la clave para que la redireccion funcione bien. ¿Alguien sabria como modificarlo para que funcionase como necesito?