Supongo que eso va a variar en cuanto a la lógica que debas aplicar en tu script, de todos modos, no creo que sea notable la diferencia en tiempo de respuesta.
Estas comparando mas bien 2 paradigmas (Estructurado VS POO )
Si lo que tenes que hacer es algo simple y que no va a crecer demasiado entonces si hacelo con el archivo functions.php sino hacelo con clases.
Suerte
